细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段，根据不同的测序策略，构建对应大小文库，然后进行大规模测序。细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；在研究细菌进化方面，可以研究种内进化关系。
真菌基因组de novo测序，是一种在无参考基因组的情况下，对微生物基因组序列进行从头组装，并结合数据库对基因组进行注释，以此为基础开展相关下游分析的产品。随着测序技术的发展、测序成本的降低，完成某真菌的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成，将带动该物种一系列后续研究的开展。
